ここまでカネヒキリは幾度かの敗戦はあったものの、日本のダートでは紛うことなきチャンピオンといえる実績。３歳時にはＪＲＡ賞・最優秀ダートホースにも選出されている。

　しかしカネヒキリの新たな戦いは、ここからだった。ライバルとの戦いではなく、自身の脚元との戦いだ。

　秋を目指しての調整過程で右前浅屈腱炎を発症。手術して再起を図り、ようやく復帰のメドがたった翌年５歳夏、同じ箇所に屈腱炎が再発した。そして２度目の手術。休養は２年４カ月に及び、ようやく復帰がかなったのは６歳11月の武蔵野Ｓだった。２番人気に支持されたものの見せ場なく９着。さすがに強いカネヒキリの復活は無理かに思われた。

　そして臨んだのがジャパンＣダート。この年から舞台が阪神１８００㍍に変わり、長い休養の間に台頭したダートの強豪が顔を揃えた。１番人気に支持された同じ６歳のヴァーミリアンは、ドバイ遠征を挟んで国内のダートＧＩを６連勝中。ジャパンダートダービー（大井）を制した３歳のサクセスブロッケンは、直前のＪＢＣクラシック（園田）でヴァーミリアンにクビ差２着と善戦。同じく３歳のカジノドライヴはアメリカでＧ２を含む２勝を挙げ、ブリーダーズＣクラシック（12着）からの帰国初戦。カネヒキリはこの３頭に次ぐ４番人気。ダートの本場アメリカからも３頭の遠征があった（うち１頭は出走取消）。

　初めてＣ・ルメール騎手が鞍上となったカネヒキリは、４コーナーでラチ沿いをうまく立ち回り、残り２００㍍を切って先頭に立つと、ゴール前迫ったメイショウトウコン、ヴァーミリアンをアタマ、クビ差でしりぞけた。４歳時のフェブラリーＳ以来、じつに２年10カ月ぶりの勝利だった。

　さらに年末の東京大賞典ではヴァーミリアンとの一騎打ちをクビ差で制し、年明け７歳での川崎記念は逃げて直線でも粘っていたフリオーソを半馬身差でしりぞけた。

　ジャパンＣダートの勝利はただただ感動だったが、ＧＩ３連勝を果たすに至って、復活は確信となった。ここまでＧＩ通算７勝は、ディープインパクトなどと並ぶ国内のＧＩ最多勝タイ記録（当時）。ＧＩ馬が２年４カ月もの休養ののち、再びＧＩを連勝するなどありえなかったこと。

“不治の病”と言われた屈腱炎が“不治”ではなくなったのか。『優駿』09年４・５月号では『屈腱炎治療の最前線（前・後編）』として計８ページもの特集が組まれるほど、カネヒキリの屈腱炎からの復活は注目され、話題になった。ステムセル治療と言われる幹細胞移植で、競走馬総合研究所と社台ホースクリニックの共同研究による治療方法だった。

　ただその治療も万能というわけではない。社台ホースクリニックの田上正明獣医の話として「確かにカネヒキリの治療は成功だったと言えるでしょうが、（中略）カネヒキリの場合、リハビリがうまくいったからという面もあるでしょうし、休養中の栄養管理、体調管理も見逃せない要素になります。それらのことがすべて噛みあってはじめて、治療の成功につながるのです」と締め括られていた。

　ジャパンＣダートのあと角居勝彦調教師は「二度の手術の間、何度も引退が頭をよぎった」と語っている。

　当時最先端の研究・治療に加え、復帰をあきらめなかったオーナーと調教師、厩舎スタッフのケアがあってこその完全復活だった。